В центре сюжета большинства игр серии — приключения группы положительных персонажей, сражающихся с каким-то угрожающим миру злом (нередко — древним и уже угрожавшим миру прежде). В ранних играх серии группа героев изначально собиралась и предназначалась кем-то для противостояния этому злу. Им зачастую противостоит некий воплощающий в себе это зло антагонист, «злодей» — харизматический лидер и манипулятор, чья деятельность прямо ведет к концу света (в Final Fantasy X и XII, несмотря на наличие ярких отрицательных персонажей, таких пытающихся уничтожить мир антагонистов нет). Весьма характерным для большинства игр серии является положение о «двух злодеях», когда на протяжении значительной части игры основным противником героев выступает один антагонист, а потом ему на смену приходит другой, ранее занимавший приниженное положение или пребывавший в тени.
В сюжетах игр серии очень важную роль играют характеры и взаимоотношения героев; многие эпизоды игр строятся на психологической тематике — личных драмах, мечтах и страхах персонажей, причем зачастую основной сюжет может быть даже отодвинут на задний план ради дополнительной сюжетной линии, яснее раскрывающей характер того или иного героя и показывающей его личную историю. Взаимоотношения между героями — от любви до соперничества и откровенной неприязни — также занимают весьма важное место в сюжетах игр. Во многих поздних частях сериала (например, Final Fantasy VIII и Final Fantasy X) любовная история — романтические отношения между главным героем и главной героиней — играют в сюжете едва ли не более важную роль, чем собственно борьба с угрожающим миру злом. Другие характерные психологические темы, переходящие из части в часть — амнезия и кризис самоидентификации, конфликт между желанием и долгом, развращение злом, самопожертвование.
В сюжетах игр серии часто поднимаются политические темы — завоевания одних государств другими, освободительная борьба покоренных стран, угнетение низших классов или рас, причем герои чаще всего выступают на стороне угнетенных и сражаются за их освобождение.
Для ранних игр серии (а также более поздних — Final Fantasy IX и Final Fantasy XIII) едина идея о волшебных Кристаллах (или одном Кристалле), чье существование поддерживает в природе равновесие и обеспечивает само существование мира — от них зависит «жизненная сила». Антагонист стремится разрушить Кристаллы или завладеть их силой, герои защищают Кристаллы. Некие кристаллические сущности, обладающие мистическими силами («магицит», «материя», «нефицит») появляются и в других играх серии. Многие игры серии поддерживают идею гипотезы Геи — представление о планете в целом как о живом и разумном существе; особенно ярко эта идея представлена в Final Fantasy VII и Final Fantasy IX, а также фильме «Последняя фантазия: Духи внутри».
Для большинства игр серии важна экологическая тематика, отношения техносферы и природы — при этом, хотя в играх часто показываются фантастические технические достижения впечатляющих масштабов (летающие города, космические станции), симпатии создателей чаще на стороне живущих в гармонии с природой персонажей.
Большинство игр серии проводит идеи о бессмертии души и реинкарнациях: согласно внутренней мифологии ряда игр, человеческая душа после смерти тела не исчезает, а отправляется в некий «Поток Жизни» или «Дальний Мир», откуда возвращается для новых рождений (возможно, в виде некоей «духовной энергии»). Души погибших героев могут и не раствориться в этом «потоке», а сопутствовать оставшимся в живых товарищам и помогать им «с того света».
Большинство игр серии содержит характерную тему апокалипсиса — угрожающего миру «судного дня», разрушения всего и вся и всеобщей гибели. В некоторых играх серии (Final Fantasy VI, Final Fantasy VII) такие катастрофические события все-таки наступают, но героям, даже несмотря на прошедшую катастрофу, удается уберечь мир от окончательной гибели.